解決方案
- 轉(zhuǎn)錄水平RNA高通量研究為人們深入了解生物學(xué)過程中轉(zhuǎn)錄調(diào)控、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)機(jī)制、疾病分子病理分型等提供了重要的研究方法。常用的高通量研究方法如基因芯片、RNA測序等，可產(chǎn)生大量信息，然而這些技術(shù)對樣品質(zhì)量要求很高，同時(shí)費(fèi)用昂貴。且其實(shí)驗(yàn)結(jié)果往往需要做qPCR進(jìn)行驗(yàn)證。然而在對多基因進(jìn)行定量研究時(shí)，傳統(tǒng)的qPCR方法由于實(shí)驗(yàn)操作步驟多且繁復(fù)，通量明顯不足，無法滿足多重基因定量檢測的需求。此外，臨床樣品通常為FFPE樣本，在制備和儲存過程中會(huì)造成大量RNA降解、斷裂。因此，qPCR及RNA-seq都難以對這種樣本進(jìn)行精確定量分析。針對以上問題,NanoString給出了完美的解決方案：基于雜交原理建立的NanoString數(shù)字化基因分析系統(tǒng)直接檢測條形碼探針標(biāo)記的單個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄子，并通過數(shù)字計(jì)數(shù)進(jìn)行定量。此過程無需酶促和擴(kuò)增過程。僅需100 ng的RNA即可對逾八百個(gè)特異的mRNA轉(zhuǎn)錄子進(jìn)行準(zhǔn)確的定量。其檢測的敏感性和準(zhǔn)確性與實(shí)時(shí)定量PCR(RT—PCR) 技術(shù)相當(dāng)。
- NanoString技術(shù)可以不經(jīng)過RNA提取，直接在FFPE樣本，細(xì)胞裂解液乃至全血中對RNA進(jìn)行定量，進(jìn)一步降低由于提取過程可能帶來的潛在偏差。近年來，NanoString技術(shù)被越來越廣泛地應(yīng)用到生物醫(yī)學(xué)前沿領(lǐng)域，包括高通量基因表達(dá)結(jié)果驗(yàn)證、基因表達(dá)譜研究、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)研究、臨床疾病分子分型及診斷預(yù)后等領(lǐng)域。
NanoString技術(shù)特點(diǎn)
- 數(shù)字化-單分子數(shù)字式直接計(jì)數(shù)，可用于數(shù)字化分析或驗(yàn)證第二代測序所確定的目標(biāo)高精準(zhǔn)度-無需逆轉(zhuǎn)錄、 PCR擴(kuò)增，直接檢測RNA分子數(shù)量，得到基因表達(dá)情況高靈敏度- 飛摩爾(10-15)級別靈敏度，與qPCR匹敵多重檢測- 單管最多可同時(shí)檢測800種目標(biāo)分子自動(dòng)化程度高- 只需要三個(gè)簡單手動(dòng)操作步驟，最大程度避免人為因素的干擾樣本兼容性高- 高效檢測FFPE包埋切片，直接檢測血液和細(xì)胞裂解液等，無需RNA提取純化應(yīng)用廣泛- Gene Expression, miRNA Expression, miRGE, CNV, Gene Fusion, Single Cell Expression, Protein, RNA & Protein共檢測
nCounter SPRINT
nCounter Pro - 技術(shù)原理
- 操作流程
- 結(jié)果分析
nSolver? Analysis Software
ROSALIND? Platform - 針對不同通路所生成的熱圖
細(xì)胞因子和趨化因子通路
JAK-STAT信號通路
NF-kappaB信號通路
Wnt信號通路 - 不同通路基因在火山圖中的表現(xiàn)
細(xì)胞因子和趨化因子通路
JAK-STAT信號通路
NF-kappaB信號通路
Wnt信號通路
